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很难给木星的大气层下个定义，因为木星是由90%的氢气和10%的氦气组成的。在地球上，我们可以研究组成地球大气层的各种气体。但是在木星强引力的作用下，木星将大气层聚集到具有非常有趣的特性的独立层中。
图解： 木星的云景（2000年）
与地球不同的是，木星在大气层与木星的其余部分之间没有明确的边界。当您向下穿过木星时，氢气和氦气的密度和温度会发生变化，科学家根据这些变化定义了不同的层。木星上的大气层是对流层，平流层，热层和系外层。
图解：木星大气层的垂直构造。注意压力随高度下降而增加。−132公里是伽利略的大气探测器最深入木星大气层内的深度。
由于木星缺乏固体表面，所以科学家们定义大气压力为一百帕的点为其底部。大气层的压力在这个点之上。和地球一样的是，大气层的温度随着高度的上升而下降，直到最小值。这是对流层顶，距离木星“表面”大概50公里的地方，定义了对流层与平流层之间的边界。
图解：取材自卡西尼号制成的木星最详尽地图。
平流层上升到320公里的地方，压力持续降低而温度持续升高。这个高度标志了平流层和热圈之间的边界。在1000公里的高度上，热圈的温度上升到了1000开尔文。
我们看到的所有云层和风暴都位于木星对流层的底部，它们是由氨气，硫化氢和水形成的。顶云层包含氨冰。在此之下是由硫化氢铵制成的云。水云在最密集的云层形成。
图解：地球和大红斑的近似比较
木星大气是太阳系中最大的行星大气。 它主要由氢分子和氦分子大致按照组成太阳的比例组成。也存在其他化合物，包括甲烷，氨，硫化氢和水。 尽管人们认为水驻留在大气深处，但直接测量的浓度却很低。 木星大气中的氮，硫和稀有气体的丰富度比太阳高约三倍。
木星大气缺乏清晰的下界和逐渐过渡星球内部的液体。 木星大气层从低到高依次是对流层，平流层，热层和外层层。 每层都有典型的温度梯度。最低层是对流层，具有复杂的云层和阴霾系统，包括氨，硫化氢铵和水层。在木星表面可见的上层氨云组织成十二个平行于赤道的纬向带，并以强大的纬向大气流（风）为边界，称为射流。 这些带在颜色上交替出现：暗带称为带，而亮带称为区域。 比带冷的区域对应于上升流，而带则标记下降的气体。该区域较浅的颜色被认为是由于氨冰造成的。 带颜色较深的原因尚不确定。尽管存在“浅层模型”和“深层模型”，但带状结构和射流的起源还没有得到很好的理解。
图解：长圆形BA (左侧)
木星大气表现出各种各样的活跃现象，包括频带不稳定性，涡旋（旋风和反旋风），风暴和闪电。漩涡显示为红色，白色或棕色大斑点（椭圆形）。 最大的两个斑点是大红色斑点（GRS）和BA椭圆（又称为小红斑） ，后者也是红色。 这两个斑点以及大多数其他的大斑点是反气旋的。 较小的反气旋往往是白色的。 涡流被认为是深度不超过几百公里的相对较浅的结构。 大红斑位于南半球，是太阳系已知旋涡最大的。 它可能吞噬两三个地球，并且至少存在了三百年。 BA椭圆（小红斑）在大红斑的南方是2000年由3个白色椭圆融合而成的红斑，大小只有大红斑的1/3。
图解：在2008年6月，短暂遭遇的长圆形BA（底部）、大红斑（顶端）和"红斑宝宝"（中间）。
木星有强风暴，还经常伴有雷击。 暴风雨是由水的蒸发和冷凝有关的大气潮湿对流而产生的。 它们是空气剧烈地向上运动的场所，而导致形成明亮浓密的云层。 风暴主要发生在带地区。 木星上的雷击比地球上看到的雷击强大数百倍，并且被认为与水云有关。
